代征手续费的比例最高不得超过代征税额的5％。2001年财政部、税务总局、中国人民银行印发了《关于代扣、代收和代征税款手续费纳入预算管理的通知》(财预[2001]523号)，对代扣代收代征手续费实行收支两条线管理。

　　2005年，财政部、税务总局、中国人民银行印发了《关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》(财行[2005]365号)，对有关管理内容作出明确规定：

　　①代扣、代收和代征税款手续费全部纳入预算管理，由财政通过预算支出统一安排。各级税务机关、扣缴义务人和代征人，不得从税款中直接安排手续费。

国库不得办理代扣、代收和代征税款手续费退库。

　　②各级国税机关支付的代扣、代收和代征税款手续费，由中央财政负担；各级地税机关支付的代扣、代收和代征税款手续费，由省级财政(含计划单列市)明确负担办法。

　　③代扣、代收和代征税款手续费，由各级税务机关以“代扣代收代征税款手续费”项目编制预算。

　　④手续费的使用要符合以下要求：一是手续费应及时支付给扣缴义务人和代征人，不得挪作税务机关的经费。二是手续费支付标准，法律、行政法规和国务院有明确规定的，按有关规定执行；

法律、行政法规和国务院没有明确规定的，由税务机关与扣缴义务人和代征人在规定范围内协商确定。三是各级税务机关应当单独设置会计账簿，及时核算代扣、代收和代征税款手续费收支情况。

　　⑤国税机关、地税机关支付的代扣、代收和代征税款手续费，分别由财政部与税务总局、省级或省级以下财政部门与地税部门在下年进行清算，不足部分，在下年预算中弥补；

结余部分，相应扣减下年代扣、代收和代征税款手续费预算。

　　⑥各级财政、税务部门，财政部驻各地财政监察专员办事处要加强对代扣、代收和代征税款手续费管理的监督检查。