杀菌灯不能直接放置在鱼缸里，也不能和过滤器材放一起。因为它会伤害鱼儿，也会杀死鱼缸中的硝化细菌。杀菌灯最好是放在鱼缸出水口，就是在过滤之前先让水经过杀菌灯，然后再经过过滤器材。

我们最常见的是放在底滤鱼缸的水泵旁边，这样也有一定的效果。

使用鱼缸杀菌灯，必须搭配一颗低效率的马达，将水打入杀菌灯管中，越慢越好，如此才能确保每滴流出的水都经过较长时间杀菌灯的照射，如此才有优越的效果。

使用定时器，一天使用个几小时即可，其功能就足够，从而给鱼类营造一个更清洁、舒适的环境。杀菌灯中的紫外线对人和鱼都有一定的危害，不能直接照射，所以杀菌灯都是密闭的。

一般来说水族箱中的硝化菌都是依附在滤材底沙等固定位置上，水中游离态的硝化细菌很少，可以认为这些损失的硝化细菌对系统影响不大。

是否有效杀菌，目前没有得到权威数据。其原因大概有，鱼缸的大小、紫外线灯的功率，开灯时间，鱼缸中水量多少及杀菌期间水是否循环，鱼缸中如果设置有景有草，等等，都是不确定因素。