工程第三方检测机构由甲方，也就是建设方确定。

第三方检测机构又称公正检验，指两个相互联系的主体之外的某个客体，我们把它叫作第三方。第三方可以是和两个主体有联系，也可以是独立于两个主体之外，是由处于买卖利益之外的第三方（如专职监督检验机构），以公正、权威的非当事人身份，根据有关法律、标准或合同所进行的商品检验活动。

甲方（包括监理单位）对除进场取样抽检外的施工现场材料、施工质量存在疑问，进行检验需要第三方检测，如果合格费用由甲方承担，不合格则有施工方承担。

另由甲方指定的新型材料也由第三方检测。

常规的材料试验检验，都需要第三方检测的，对于那些破坏性试验，更需要第三方检测。现在规范的意思自己施工的工程，不能自己的实验室内进行材料检测，自己出的材料试验证明只能作为内部自检用，说白了就是没有公信力。

因为现在所做的工程材料检验只要规范规定需要检测的，需要质量证明文件的，都必须由第三方检测。